化学进展

作者：彭诚, 吴乐云, 徐志建, 朱维良

单位：1 中国科学院上海药物研究所药物发现与设计中心 上海 201203,2 中国科学院大学 北京 100049

关键词：副本交换分子动力学,变形,采样效率,副本数目,构象变化

基金：国家重点研发计划项目(2016YFA0502301),国家重大新药创制科技重大专项(2018ZX09711002)

副本交换分子动力学(REMD)是一种广泛应用于蛋白质功能性构象变化模拟及相应自由能计算的增强型采样算法。由于REMD理论严格且采样效率高,近年来备受关注,尤其是针对传统REMD方法的发展和优化,显著提高了REMD的采样效率,拓展了其应用范围。但是各种REMD新型方法的最佳适用范围也存在较大区别,使得如何选用合适的REMD方法成为实际应用的难题和挑战。因此,有必要对各种REMD方法及其应用进行阐述,深入比较各方法的优缺点及其实际应用体系。本综述从REMD的原理出发,回顾了近年来各类REMD方法的变形策略,以助于对REMD方法的理解、应用和继续改进。

来源：2022年第2期

《化学进展》期刊编辑部

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